Tháng 6 năm 1643, theo đề nghị của Chúa Trịnh, ba tàu chiến của Công ty Đông Ấn Hà Lan là Wojdenes (De Wijdeness), Waterhond và Vos tiến vào cửa Thuận An đánh Chúa Nguyễn.

Ngày 7 tháng 7 năm 1643, Thế tử Nguyễn Phúc Tần đốc suất 50 chiến thuyền đột kích bất ngờ vào đội thuyền của Công ty Đông Ấn Hà Lan. Tàu đô đốc Wijdenes, là chiếc nặng nhất và chậm nhất trong số 3 tàu đó, bị bốn thuyền chèo tay đuổi kịp, đánh gãy mất bánh lái, đánh đổ cột buồm và bám vào hai bên mạn tàu; viên thuyền trưởng Pieter Baek không hy vọng chạy thoát được nữa, cho châm lửa vào kho thuốc súng và tự đốt cháy tàu, Pieter Baek và nhiều thủy thủ đã bị chết. Hai chiếc tàu kia, theo lời của Jean Gobyn, phải rất chật vật mới tìm được một chỗ trú ở đảo Ngọc (Ile de Perles)[2][3][4].

Chúa Nguyễn Phúc Lan rất vui mừng và khen:

Tháng 2 năm 1648, Chúa Trịnh Tráng sai Tiến Quận công Lê Văn Hiểu khởi binh Nam tiến lần thứ 4, dẫn bộ binh tiến lên đóng ở đất Nam Bố Chính, còn thủy quân đánh cửa Nhật Lệ. Nguyễn Phúc Tần được phong làm Tiết chế chủ quân và cùng vua cha ra Quảng Bình tiếp ứng, chia thủy quân phục sẵn ở sông Cẩm La, sai Nguyễn Hữu Tiến mang 100 con voi đánh úp quân Trịnh lúc nửa đêm, quân bộ tiếp sau vào đánh phá. Quân Trịnh thua lớn, bị thủy quân Nguyễn chặn đánh chạy đến tận sông Lam mới thôi.

Tháng 3 năm 1648, Thế tử Nguyễn Phúc Tần định cho quân vượt sông Gianh đánh ra Bắc Bố Chính thì nghe tin Chúa Thượng ngã bệnh chết trên thuyền trên đường về Thuận Hóa nên phải lui binh.